La chiesa sorgeva alle porte del castello di Elce, appartenuto agli Alviano di Baschi (Orvieto) fino al 1265, anno in cui fu inglobato nel distretto del Comune guelfo di Camerino. Situata ai confini del territorio camerte, di fronte al castello di Acquafranca (Roccafranca), divenne una propaggine settentrionale del dominio spoletino prima e folignate poi.
Originariamente dedicata a Santa Lucia, protettrice della vista e simbolicamente legata all’avvistamento, funzione fondamentale in un contesto di controllo del confine, la chiesa fu in seguito intitolata anche ai Santi Pietro e Paolo, in ricordo del loro passaggio nel Centro Italia e in particolare sull’Appennino.
La chiesa con triplice dedicazione ai Santi Pietro, Paolo e Lucia celebra due feste annuali: il 29 giugno per i Santi Pietro e Paolo e il 13 dicembre per Santa Lucia.

La costruzione dell’edificio risale probabilmente alla fine del XII o all’inizio del XIII secolo ed è considerata l’ultima chiesa edificata nei Piani Plestini. Nel corso dei secoli XVIII e XIX l’edificio subì modifiche strutturali, con l’aggiunta di contrafforti esterni e la chiusura di alcune aperture.
Daneggiata dal terremoto del 1979, fu restaurata e consolidata nel decennio successivo. Subì nuovi danni con il sisma del 1997, rendendo necessario un ulteriore intervento nei primi anni 2000.
Nel tempo la chiesa ha assunto le caratteristiche di un santuario terapeutico. I devoti, in cerca di guarigioni o grazie, usano toccare la corona del rosario, un fazzoletto o un anello sulle immagini dei Santi Pietro, Paolo, Lucia e della Madonna.

L’unico nucleo familiare rimasto in loco è quello dei Pandolfi, custodi del santuario, che si fanno carico delle spese per le festività religiose. Il luogo continua a essere meta di pellegrinaggio per la comunità di Percanestro e, in parte, anche per quella di Rocchetta.

Il sagrato, sul lato meridionale, è delimitato da un muro che si innesta ortogonalmente al contrafforte angolare destro della facciata e si estende da est a ovest per tutta la lunghezza della chiesa. È probabile che in origine lo spazio del sagrato fosse parte integrante dell’edificio, come testimoniato dalla presenza di botole per le sepolture. Sulla parete esterna sinistra si osservano due imponenti contrafforti.

L’interno è a navata unica rettangolare, intonacata, con copertura lignea tradizionale a vista. L’aula è illuminata naturalmente solo da due finestre nella controfacciata. Il presbiterio, rialzato di un gradino e separato dall’aula da un arco trionfale a tutto sesto, ospita su un blocco di pietra, lungo la parete laterale, una statua lignea della Madonna in trono con Bambino, scolpita su corteccia, espressione di arte popolare della fine del XIV secolo.
Lungo le pareti del presbiterio si conservano ampi tratti di affreschi: sulla parete destra l’immagine di Santa Lucia; ad angolo, sulla parete d’altare destra, un affresco molto deteriorato in cui è visibile solo un angelo nella parte superiore. Al centro, sopra l’altare, una Madonna con Bambino e, alla sua sinistra, San Pietro. Sulla parete sinistra si trovano le figure di San Paolo e, più antica, quella di Santo Stefano; segue un lacerto d’affresco raffigurante una Crocifissione con San Sebastiano.

Gli affreschi dei Santi Pietro, Paolo e Lucia furono realizzati nei primi decenni del Cinquecento da Paolo Bontulli. Gli altri sono opera di pittori popolari dell’ambito marchigiano, detti madonnari, che venivano compensati con cibo e vino.
Molti dei santi raffigurati sono tradizionalmente invocati per la protezione da malattie o calamità: sono queste devozioni a conferire alla chiesa il carattere di santuario terapeutico di frontiera.